La organización originalmente fue fundada en 1946 como la Casa del Beato Martín, llamada después como San Martín de Porres quien fue canonizado en 1963 y es conocido como el santo de la armonía interracial. Un grupo pequeño de miembros de la comunidad y el padre Jerome L. Hastrich, quien más tarde llegó a ser el Obispo de Gallup, NM, establecieron esta organización con la esperanza de promover la unidad interracial entre los negros y los blancos. Su hermano, monseñor George Hastrich, trabajo muy estrechamente con él en la fundación La Casa del Beato Martin y mas tarde se convirtió en el director espiritual de la Casa San Martín.
En 1952 la Casa del Beato Martín se traslado desde W. Washington Ave. a la ubicación actual en Beld Street. Dirigido por el Obispo Hastrich y un grupo de mujeres laicas dedicadas, el edificio original fue construido en su totalidad por voluntarios, incluyendo seminaristas locales. En el principio la organización ofreció una serie de actividades tales como: clases de costura, programas de verano para los niños y un club de Guantes de Oro de boxeo. Ofreció ayuda a los necesitados, regalándoles comida o asistiéndolos en la búsqueda de empleo. En un momento, la Casa de San Martín funcionó como orfanato.
Por muchos años, la Casa San Martin fue administrada por Margaret Straub. Ella trabajó como director y supervisó las operaciones cotidianas. Ella tenía la idea de iniciar el programa de comidas gratis durante la recesión económica de las 1980’s para ayudar a aquellos que no podían encontrar trabajo. Este programa se ha convertido en uno de los programas más importante del CMC, que sirve 25.000 comidas al año a los necesitados. Margaret se murió en 1996 después de dedicar gran parte de su vida adulta a servir a mucha gente por la Casa San Martin.
Con la llegada de más y más trabajadores migrantes hispanohablantes a Wisconsin, el Centro Guadalupe fue formado por Dolores Ann Silha en el 1977 para ayudar a la población latina, complementando los servicios de la Casa San Martín. Gran parte de los primeros trabajos del Centro Guadalupe fueron proporcionar asistencia espiritual a las familias porque no había ningún clero o personal bilingüe. Sus ofertas incluían clases de catecismo de los niños, preparación sacramental, los programas de ropa, liturgia en español y clases de inglés. A pesar del compartieron el mismo edificio, el Centro Guadalupe fue operado por la Oficina del Ministerio Hispano de la Diócesis y era una organización independiente de la Casa San Martin. La despensa de alimentos del CMC actual fue iniciada por el Centro Guadalupe para ayudar a los inmigrantes recién llegados que luchaban por alimentar a sus familias.
En el 2002, el Centro Guadalupe y la Casa St. Martin Casa oficialmente se unen y se convirtió en el Centro Multicultural Católico, cuando el edificio original fue demolido y el nuevo Centro fue construido. Después de ver el pobre estado del edificio original, el Obispo del Diócesis de Madison William Bullock abrió el camino en la construcción del nuevo Centro con la meta de servir mejor a la comunidad y satisfacer sus necesidades con dignidad. El nuevo edificio fue diseñado y construido para acomodar a los servicios que el Centro ofrecía como el programa de comida gratis y las clases de inglés.
En el 2009, el CMC tenía dificultades cuando la Diócesis de Madison, que había operado la CMC desde el principio en los 1990’s, se cerró el Centro a causa de los problemas presupuestarios causados por la crisis económica de aquel tiempo. Sin embargo, después de mucha protesta y de reunión inmediata de la comunidad, el CMC volvió a abrir dos meses más tarde bajo el liderazgo del Monseñor Ken Fiedler y Director Andy Russell en aquella epoca (leer más sobre la llegada de Msgr. Ken con el CMC aquí). En los años después de formar esta colaboración con la parroquia Reina de la Paz. el CMC ha sido poder expandir mucho su personal y la cantidad de programación que ofrece a la comunidad. Este colaboración permanece más fuerte que nunca y el CMC ha sido capaz de crecer y cambiar continuamente para servir mejor a las necesidades de la comunida.